Historia miasta sięga XIII wieku. Nazwę swoją Krapkowice wywodzą od nazwy osobowej Chrapek. Pierwotnie były Chrapkowice (1204 r.) , później Crapicz (1294 r.) . Otmęt był starą osadą flisacką. Po raz pierwszy wymieniony (1223 r.) jako Ocnant, w 1302 roku występuje jako Othmant. Wyraz Otmęt potem (Odmęt) - głęboka wzburzona woda, otchłań - oddawał nadodrzańskie ukształtowanie tego XIII wiecznego osiedla. Na Nizinie Śląskiej, na pograniczu Pradoliny Wrocławskiej i Kotliny Raciborskiej . - nad Odrą przy ujściu Osobłogi - wyrosły w średniowieczu dwa grody: Krapkowice na lewym brzegu i  Otmęt na prawym brzegu Odry Obydwie osady znajdowały się na wzniesieniach wapiennych około 160 m nad poziomem morza, o współrzędnych geograficznych 50"21 ' płn. (N) i 17"548' wsch. (E).

Najstarsze wzmianki o mieszkańcach odnajdujemy w licznych wykopaliskach, z których wynika, że w  rejonie dzisiejszych Krapkowic istniała zorganizowana społeczność w neolicie, młodszej części epoki kamiennej, ok. 4 tys. lat p.n.e. Znaleziono między innymi urny ciałopalne, kamienne ostrza, naczynia gliniane i bursztyny. W starożytności(od V w. p.n.e.) przebiegał tędy szlak bursztynowy od  Morza Bałtyckiego (okolice Gdańska i Elbląga) do Akwilei, Grecji, Myken i Egiptu. Tutaj też krzyżowały się szlaki handlowe północ-południe ze Skandynawii na Bałkany i ze wschodu na zachód. W okolicach Krapkowic, Obrowca i Rogowa znajdowały się brody, z których korzystali nie tylko kupcy: tędy przeprawiały się również hordy tatarskie v 1242 roku i później.

Prawa miejskie na prawie magdeburskim otrzymały Krapkowice od księcia opolskiego Władysława, najprawdopodobniej w 1275 roku (akt ich nadania nie zachował się). Najstarszy zachowany dokument z  1294 r wydany przez księcia opolskiego Bolesława I, syna Władysława, przydzielający mieszczanom "cives de Crapicz" 8 morgów pastwisk nad Odrą i Osobłogą, określa Krapkowice miastem. Następnym dokumentem potwierdzającym istnienie Krapkowic jest tzw. rejestr ujazdowski z lat 1295-1303, w  którym miasto wymienia się obok innych.

Osada Otmęt posiadała wówczas kościół pw. Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny wzmiankowany w 1223 r. Przypuszcza się, że w XIII w. w naszym rejonie zamki Obrowiec, Krapkowice, Otmęt, Rogów były w posiadaniu zakonu templariuszy. Od 1316 r. zamek v Otmęcie należał do rodu Szeligów i Strzałów. W 1511 roku odziedziczył Otmęt Łukasz Buchta Buchcicki. Joachim Buchta - w  latach 1557-1561 - w zamian za pożyczkę udzieloną cesarzowi Ferdynandowi Habsburgowi, otrzymał między innymi w dzierżawę Krapkowice, które tym samym przestały być miastem książęcym.

W średniowieczu władzę sprawował tu dziedzicznie wójt raz z radą miasta, wybierany i  opłacany przez księcia opolskiego. W XIV i XV wieku wójtami byli Temchinowie, zasłużony ród mieszczański. Ufundowali miastu w 1416 r. szpital, w latach 1401-1425 rozbudowali kościół pw. św. Mikołaja i wybudowali szkołę, wzmiankowaną w dokumentach z 1416 roku.

Od 1532 r., a więc od wygaśnięcia górnośląskiej linii Piastów, Krapkowice należą do księstwa Opolskiego, od 1327 r będącego pod zwierzchnictwem Czech. Następnie księstwo dostał cesarz austriacki Ferdynand Habsburg. W 1582 r. cesarz Rudolf II Habsburg sprzedał Krapkowice wraz ze wszystkimi dobrami Hansowi Joachimowi Redernowi za 1600 talarów. Redernowie rozbudowali Krapkowice do kształtu dzisiejszego układu architektonicznego. W skład miasta wchodziły: teren zamku z  własnymi murami obronnymi, centrum w granicach murów obronnych oraz przedmieścia Oracze i Błonie. W tym okresie po kolejnych pożarach zaczęto budować z kamienia. Wzniesiono wówczas zamek, mury obronne, trzy baszty , kościół i kilka budynków. W początkach XVI w. Redernowie wybudowali drewniany most łączący Krapkowice z Otmętem, który przetrwał do 1741 r. Rynek obejmował powierzchnię 4 mórg i miał kształt kwadratu. Posiadał drewniany ratusz na środku i drewnianą zabudowę. Centrum miasta otoczone było owalnymi murami obronnymi, które wzniesiono na drewnianej palisadzie. Mieszkańcami Krapkowic byli: rzemieślnicy i handlarze (rynek), rolnicy (Oracze), rybacy i flisacy (Błonie). Krapkowice po wojnie austriacko-pruskiej od 1742 r. zostały zajęte przez Prusy.

W 1765 r. wygasła krapkowicka linia Redernów. Nowym właścicielem za 118 000 talarów od 1769 r. został baron Karol Wilhelm Haugwitz. Kolejne pożary z lat 1841, 1852, 1854, w których spłonął ratusz, zmusiły mieszkańców do budowy domów murowanych.

Klęska głodowa jaka nawiedziła Śląsk w 1847 r. , nie ominęła Krapkowic. W 1848 r. po zamknięciu kamieniołomów i wapienników oraz pozbawieniu pracy wielu robotników, doszło do pierwszych rozruchów robotniczych.

Szybki rozwój Krapkowic nastąpił dopiero po przegranej przez Francję wojnie z Prusami w 1871 r. i  napływie kontrybucji wojennych z Francji przeznaczonych na rozwój Prus. W 1887 wybudowano po 146 latach most na Odrze, co ułatwiło komunikację z Otmętem i Strzelcami Opolskimi.

Wybudowanie kolei żelaznej w 1896 r. łączącej Prudnik z Gogolinem otwarło perspektywy przed rozwijającym się przemysłem.

Krapkowice w początkach XX wieku posiadały: młyn, fabrykę papieru, wapienniki, dwa tartaki i cegielnie parową, a także fabrykę papy, celulozy i kartonu. W 1903 r. uruchomiono tu elektrownię, której pełny rozruch nastąpił w latach 1914-1915. W latach 1913-1915 Zbudowano wieżę ciśnień i  założono sieć wodociągową. W 1894 r. wybudowano szpital, który posiadał urządzenia kanalizacyjne, wodociągowe i łaźnie.

Regulacja Odry i budowa śluz w latach 1890-1896 przyczyniła się do rozwoju transportu rzecznego. W 1930 roku właściciel Otmętu hrabia Sponnek sprzedał swoje dobra czeskiej firmie obuwniczej Bata, która rozbudowała fabrykę obuwia. Obie miejscowości dzięki przemysłowi i handlowi, a także dobremu połączeniu z okręgami przemysłowymi drogami kolejowymi i rzecznymi, zaczęło się rozwijać.

W czasie II wojny światowej Krapkowice nie zostały zniszczone. Od marca 1945 r. Krapkowice wraz z Otmętem są w granicach państwa polskiego.

Demograficzny rozwój Krapkowic przebiegał następująco: 1534 r. - 400,1758 r. - 628, 1834 r. - 2157, 1895 r. - 2758, 1940 r. - 5600, 1946 r. -3417, 1993 r. ponad 20000 mieszkańców.

W okresie powojennym od 1 I 1956 r Krapkowice zostają podniesione do rangi miasta powiatowego. Następuje rozwój przemysłu i budownictwa. Wybudowano trzy osiedla: 1000-lecia, XXX-lecia i Sady oraz dwa osiedla domów jednorodzinnych. Rozbudowa zakładów przemysłowych i budowa cementowni "Gorażdże" przyczyniły się do dalszego rozwoju miasta.

W 1961 r. osiedle Otmęt zostało włączone do Krapkowic. Powstała w 1975 r. miasto-gmina Krapkowice obejmuje wsie: Dąbrówka Górna, Gwoździce, Rogów Opolski, Nowy Dwór, Steblów, Pietna, Borek, Ściborowice, Kórnica, Żywocice i Żużela.